Podstawowym zadaniem Krajowgo Laboratorium Referencyjnego do spraw jakości wód powierzchniowych jest zapewnienie nadzoru nad jakością badań i analiz w zakresie wód powierzchniowych wykonywanych przez Centralne Laboratorium Badawcze oraz inne podmioty prowadzące badania monitoringowe, w szczególności poprzez prowadzenie badań i oznaczeń próbek biologicznych, wody i osadów, tworzenie, weryfikację i aktualizację przewodników i wytycznych do wykonywania badań biologicznych, organizowanie porównań międzylaboratoryjnych i badań biegłości, ujednolicanie metod i procedur badawczych oraz wdrażanie nowych metodyk badawczych.