Struktura organizacyjna:
- Biuro Dyrektora Generalnego
- Departament Inspekcji
- Departament Kontroli Odpadów
- Departament Transgranicznego Przemieszczania Odpadów
- Departament Monitoringu Środowiska
- Departament Administracyjno – Finansowy
- Departament Prawny
- Departament Zwalczania Przestępczości Środowiskowej
- Departament Informatyzacji
- Zespół do spraw Kontroli i Audytu
- Centralne Laboratorium Badawcze
- Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości powietrza atmosferycznego
- Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości wód powierzchniowych