W 2003 roku Amerykańska Fundacja na rzecz Czystej Wody (America's Clean Water Foundation) zainicjowała powstanie międzynarodowego programu, mającego na celu zwiększenie społecznej wrażliwości na jakość wód oraz wzmożenie zaangażowania lokalnych społeczności na całym świecie w ochronę wód, poprzez zachęcanie do wykonywania prostych regularnych badań jakości wód rzek, jezior lub stawów leżących w najbliższej okolicy zamieszkania osób chcących wykonywać taki "monitoring".
Początkowo dzień ten obchodzono 18 października, by upamiętnić rocznicę wejścia w życie amerykańskiej ustawy o czystych wodach (US Clean Water Act). Obecnie, na całym świecie Światowy Dzień Monitoringu Wód obchodzony jest 18 września każdego roku.
Początki ochrony wód i ich monitoringu w Polsce, ustanowione prawnie, sięgają znacznie wcześniej niż historia obchodów Światowego Dnia Monitoringu Wód. Już w polskiej ustawie wodnej z dnia 19 września 1922 roku, pierwszym polskim akcie prawnym dotyczącym wód, opartym na regulacjach pruskich i austriackich, zapisano: "(…) Zabrania się również wpuszczania do wód takich rzeczy i wrzucania takich przedmiotów i materji, które, choćby nie wstrzymywały odpływu wody, mogłyby spowodować jej szkodliwe zanieczyszczenie." Kolejne ustawy normujące tę tematykę, dostosowując się do zmieniającej się sytuacji społeczno-gospodarczej, wchodziły w życie w latach 1962 i 1975. Na przestrzeni lat ubiegłego wieku badaniem i oceną jakości wód zajmowały się m.in. instytuty badawcze - Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej (wody powierzchniowe) i Państwowy Instytut Geologiczny (wody podziemne).
Ale to właśnie w ustawie Prawo wodne z lat 70-tych poprzedniego wieku, w wyniku jej późniejszej nowelizacji, ustanowiono wojewódzkiego inspektora ochrony środowiska jako organ prowadzący okresowe badania kontrolne jakości wód powierzchniowych i podziemnych, a w wyjątkowych przypadkach Głównego Inspektora Ochrony Środowiska - jako odpowiedzialnego za te badania. Wprowadzenie tych zapisów, zbiegając się w czasie z powołaniem do życia Inspekcji Ochrony Środowiska, dało początek obecnie istniejącym podsystemom monitoringu wód, realizowanym w ramach Państwowego Monitoringu Środowiska, prowadzonego przez Inspekcję Ochrony Środowiska w Polsce.
Zakres badań i ocen wód wykonywanych na potrzeby PMŚ z biegiem lat zmieniał się, dowiązując się do przeobrażającej się sytuacji prawnej i podążając za kierunkami rozwoju gospodarki wodnej kraju, by zapewnić wiarygodne informacje o stanie wód. Aktualnie, monitoring wód, przeprowadzany na terenie całego kraju, dostosowany jest do założeń Ramowej Dyrektywy Wodnej. W odniesieniu do prawa krajowego obecnie wykonywany monitoring wód został usankcjonowany obowiązującą dzisiaj ustawą Prawo wodne z 2001 roku i jej aktami wykonawczymi.
Oprócz podstawowych badań wód takich jak pH czy temperatura, Inspekcja Ochrony Środowiska pobiera i bada próbki wód powierzchniowych na obecność między innymi substancji biogennych, pestycydów czy metali ciężkich. Dokonuje się również oznaczeń organizmów występujących w wodach i obserwacji hydromorfologicznych. W roku ubiegłym zapoczątkowano badania organizmów wodnych (ryb, skorupiaków i mięczaków) na obecność substancji priorytetowych ulegających bioakumulacji. W monitoringu wód podziemnych dokonuje się oceny stanu chemicznego jak również oceny stanu ilościowego tych wód. Badania te na zlecenie GIOŚ wykonuje państwowa służba hydrogeologiczna. Na zlecenie GIOŚ realizowany jest również monitoring wód otwartego morza Bałtyku.
By dostarczyć rzetelnych informacji na temat stanu wód w Polsce, specjaliści z Inspekcji Ochrony Środowiska biorą udział w szkoleniach, badaniach porównawczych, spotkaniach ze służbami ochrony środowiska z innych krajów w celu wymiany informacji i doświadczeń. Laboratoria WIOŚ są wyposażane w nowoczesną infrastrukturę badawczą, by móc sprostać nowym wyzwaniom w dostarczeniu rzetelnej wiedzy na temat stanu wód w Polsce. Więcej informacji na temat monitoringu wód w Polsce można znaleźć tutaj , a informacje dotyczące działań zmierzających do zapewnienia większych zdolności organizacyjnych i technicznych zapewniających jakość i kontrolę pomiarów w systemie monitoringu jakości wód są dostępne tutaj .
